Kościół ulokowany na wzniesieniu oraz plebania w Mrzeżynie znajdują się bardzo blisko pasa wydm nadmorskich. Według świadka, kościół parafialny powstał w latach 1900-1912. W roku 1912 został poświęcony przez biskupa ewangelicko-augsburskiego. Od 6 września 1945 Mrzeżyno należało do parafii w Trzebiatowie. 21 października 1945 proboszcz Trzebiatowa dokonał poświęcenia kościoła w Mrzeżynie nadając mu tytuł Świętych Apostołów Piotra i Pawła.

W latach 1951-1956 kościół był nieczynny ze względu na bliskość poligonu wojskowego i obowiązujący na tym odcinku wybrzeża zakaz wstępu. W roku 1972 świątynię włączono do parafii pw. św. Józefa w Trzebuszu jako kościół filialny, a w roku 1983 ust anowiono go kościołem rektorskim. 14 stycznia 1985 dekretem ks. bp Kazimierza Majdańskiego erygowano w Mrzeżynie parafię. Z chwilą powstania parafii i objęcia duszpasterzowania przez ks. Henryka Jędrychowskiego nastąpił rozwój życia parafialnego, przeprowadzono generalny remont kościoła oraz wybudowano plebanię z domem rekolekcyjnym, gdzie obecnie odbywają się rekolekcje Kościół Domowy - Oazy Rodzin z całej diecezji.