Port usytuowany u ujścia rzeki Regi osłaniają dwa falochrony wybiegające w morze. Falochron wschodni ma długość 206 m, a zachodni – 327 m. Szerokość wejścia do portu wynosi 50m. Port może przyjmować statki o parametrach: max długość – 12 m, max szerokość – 4 m. Aktualne dopuszczalne zanurzenia określa bosman portu Mrzeżyno. Deklarowane warunki dostępności portu nie są jednak w praktyce utrzymywane ze względu na bardzo dynamiczne zmiany dna.

Port w Mrzeżynie ma niepoprawny układ falochronów i mimo szerokiego wejścia do portu (82 metry) po przeprowadzonej pod koniec lat 60. generalnej przebudowie i modernizacji portu, wpłynięcie do portu zwykle możliwe jest jedynie przy falochronie zachodnim, co je st spowodowane tworzeniem się mielizny. Dno portu narażone jest przez to na bardzo dynamiczne zmiany.

Planowana jest przebudowa wejścia do portu, a także rozbudowa mariny jachtowej. Modernizacją, utrzymywaniem infrastruktury okołoportowej oraz promocją portu zajmuje się Zarząd Portu Morskiego "Mrzeżyno", który jest jednostką organizacyjną gminy Trzebiatów. Do portu mogą wchodzić jednostki o zanurzeniu do 2 metrów. Przystań jachtowa w Mrzeżynie może pomieścić do 40 jachtów.