Mikołaj Kopernik - życie i dzieło Wystawa, otwarta w 1995 roku, prezentuje świat, dom i środowisko rodzinne, lata nauki, wreszcie lata twórczej samotności we Fromborku (przerywanej tylko niekiedy pełnieniem ważnych funkcji kapitulnych i wystąpieniami publicznymi) wielkiego Astronoma - i jednocześnie skromnego kanonika warmińskiej kapituły katedralnej. Składa się z 6 części, z których każda tworzy odrębną całość zawartą w poszczególnych wnętrzach dwutraktowej kamieniczki. Pozostałe działy muzeum to: makieta średniowiecznego Torunia, kultura mieszczańska w Toruniu, Wystawa Rapperswilska, pracownia uczonego.