Wzmiankowana historycznie już w 1299 jako Sancta Barbara in Bormol z racji znajdującej się tu kapliczki ku czci św. Barbary. Św. Barbara rzekomo objawiła się przy jednym z miejscowych źródeł. Do początków XIX wieku źródło nosiło nazwę Świętego Źródła. W 1340 roku jest wymieniony po raz pierwszy młyn wodny, który w 1400 roku nosił nazwę Leśnego Młyna (Waldmuehle). Cudowne źródło i związane z nim uzdrowienia ściągały rzesze pielgrzymów, które rozsławiały Barbarkę.

Warto zaznaczyć, że według miejscowych przekonań woda z cudownego źródła miała leczyć kołtun, który po zanurzeniu głowy miał rzekomo odpadać. Kult św. Barbary zataczał coraz większe kręgi, dlate go biskup chełmiński Wincenty Kiełbasa swoim sumptem w 1475 wystawił nową kaplicę. Pielgrzymujący otrzymywali znaczne odpusty, z których najważniejszy wiązał się z trzecim dniem Zielonych Świątek, podczas którego organizowano wielki doroczny jarmark.



Od 1517 osada wraz z młynem należała do miasta Torunia. Pod koniec XIX wieku młyn przestał istnieć. W latach 1841–1842 wybudowano kolejną kaplicę z muru pruskiego. Wewnątrz znajdowała się figura św. Barbary z I połowy XV wieku, gotycka, którą później przekazano do Muzeum Diecezjalnego w Pelplinie. Z tego czasu dowiadujemy się, że cudowne źródło nakryte było kamieniem młyńskim. Wodę ze źródła pielgrzymi nabierali przez otwór znajdujący się w kamieniu.



Do połowy XIX wieku w osadzie znajdowała się siedziba Leśnictwa Barbarka a przejściowo w 1880 roku siedziba Nadleśnictwa Barbarka. W 1921 Barbarka była ponownie siedzibą leśnictwa, które obejmowało 1.049 ha obszarów leśnych i łąk. W 1932 na Barbarce prowadzono hodowlę bażantów, danieli, zajęcy, jeleni oraz saren. W 1951 roku teren Barbarki przyłączono do miasta. Obecnie administracyjna część osiedla Wrzosy.



W lasach w okolicy wsi od października do końca grudnia 1939 roku Gestapo i Selbstschutz przeprowadził masowe egzekucje, rozstrzeliwując ponad 600 Polaków z Torunia i okolicy[1], przede wszystkim przedstawicieli inteligencji (nauczycieli, duchowieństwo), działaczy społecznych i politycznych - w tym członków Związku Zachodniego, przedsiębiorców, harcerzy, więzionych w toruńskim Forcie VII lub w Poznaniu. W 1944 Niemcy zorganizowali ekshumację i spalenie zwłok z masowych mogił, w celu zatarcia śladów egzekucji. Ekshumacja była prowadzona przez Żydówki zakwaterowane w prowizorycznym obozie na terenie Barbarki. Wydarzenia te upamiętnia znajdujący się na Barbarce cmentarz-pomnik pomordowanych.